二十世纪九十年代以后，由于外在环境和知识结构的变化，知识分子所面临的挑战与八十年代有很大的区别，据我的观察，主要是三个方面：
首先是知识分子公共性的丧失。在新启蒙运动中知识分子讨论问题的中心是围绕着思想和文化进行的，这些思想文化问题与当时的经济政治改革紧密相关，因此或多或少带有某种功利的、泛政治的意识形态化色彩。而从九十年代初开始，一部分知识分子开始有了一种学术的自觉：认为对于知识分子来说，更重要的是承担一种学术的功能，从知识里面来建构文化最基本的东西。他们对于八十年代知识分子那种“以天下为己任”的态度是有反省的，认为这是十分虚妄的。是一种浮躁空虚的表现，是缺乏岗位意识的体现。随着九十年代初的国学热以及重建学术规范的讨论，一大批知识分子开始学院化，进入了现代的知识体制。他们似乎不再自承是公共的知识分子，更愿意在为现代知识体制的日益完善、世俗社会的功利主义与工具理性大规模侵入学界，也强有力地诱导着大批学人放弃公共关怀，在体制内部求个人的发展。在这种情况下，很多知识分子不再具有公共性，只是某个知识领域的专家，甚至是缺乏人文关怀的技术性专家。这是对知识分子的第一个挑战。
第二个方面是知识分子的再度边缘化。1992年邓小平南巡讲话以后，中国经济驶入快车道，整个社会加速世俗化。市场社会的出现，使得知识分子再一次被边缘化。如果说过去的知识分子边缘是发生在政治层面的话，那么这一波的边缘化更多的是在社会意义上。其实，政治层面的边缘化还没有威胁到知识分子的要害，因为即使是一个受迫害的悲剧人物，他也始终处在舞台的中心，有时受迫害、受侮辱者反而更能激起整个社会的同情。正如法国思想家雷蒙·阿隆所言“就知识分子而言，迫害比漠视更好受。”但在1992年以后整个社会高度发散化，社会阶层发生了很大变迁，出现了真正意义上的多元化，整个社会不再有中心。更确切地说，政治与意识形态第一次不再占据社会的中心，而经济上升为中心问题。此时知识分子在社会意义上被彻底地边缘化了。他不再处于整个舞台的中央，舞台中心被另外一批人所占据，譬如腰缠千万的富翁、暴发户等新体制下的既得利益者，以及在公共传媒和演艺圈大出风头的各类明显。从某种意义来说，这对知识分子是一个更为严重的挑战。1994年开始的人文精神讨论虽然不是直接针对边缘化问题，但显然与此问题有关。在新的社会环境中，知识分子如何安身立命，他的位置究竟在哪里？人文精神的发起者们当时内心很清楚，他们不一定能改变这个社会，但必须为自己寻找到精神的和现实的位置，这也是个知识分子的安身立命所在。
第三个挑战在理论上也许是更致命的，那就是“后现代”的崛起。中国的后现代文化的拥护者们借用西方后现代主义的理论，特别是福柯和利奥塔的理论，断然宣布中国已经进入后现代社会，在后现代社会里面知识分子已经死亡。这个问题其实是和前面一个问题紧密联系在一起，知识分子退居边缘，传统意义上的知识分子已经整个地失去了他们存在的合法性。因为传统意义上的知识分子所赖以生存的，是一整套共同的元话语，比如像利奥塔所说的关于革命的神话和真理的神话这些“宏大叙事”。但在后现代的多元的、破碎的语境之中，公共信仰的元话语已经不复存在，也不需要存在，那么知识分子也就丧失了其存在的意义。这就从根本上提出这样一个问题：知识分子是否已经死亡？
从上述三个方面我们可以看到，原来意义的知识分子已经受到全面挑战。第一波的挑战是从知识体制的内部来瓦解知识分子原来的基础，把知识分子改造为服从于日趋细化的知识分工的技术型专家；第二波挑战则从社会体制上使知识分子不再处于整个社会的中心，而只是社会中众多分子中边缘的一员而已；而第三波挑战更是从话语的方式上完全颠覆了知识分子原来存在的所有自明性和合法性。我们今天讨论知识分子的问题，首先要追问的是知识分子究竟有没有死亡？如果没有死亡的话，那么将以怎样的一种方式存在？如要已经死亡的话，又应该以怎样的一种方式复兴？新的问题必须有新的回应方式，如果仅仅用八十年代那样一种思路和理念让知识分子起死回生，只是一厢情愿的幻想。
