历经戊戌政变、八国联军之役与自立军起义失败，章太炎终于与康、梁决裂。壬寅（1902）三月，他在东京举办“支那亡国242年纪念会”，表明反清革命决心。癸卯（1903）早春二月，太炎到上海爱国学社任教，并与蔡元培、章士钊等在《苏报》上鼓吹民族民主革命。《苏报》言论日趋激烈，特别是太炎先后发表《驳康有为政见书》及评介邹容《革命军》等文，直斥皇帝为：“载湉小丑，未辨菽麦”，更引发一场文字狱——《苏报》案，章太炎、邹容因此入狱服刑。
从癸卯（1903）闰五月初六被捕，到丙午（1906）五月初八刑满释放，太炎被囚整整三年。作为一代国学大师，其狱中生活亦颇有可圈可点之处。南社诗人柳亚子称赞说：“泣麟悲凤佯狂客，搏虎屠龙革命军。大好头颅抛不得，神州残局岂忘君。”（《癸卯冬日有怀太炎、慰丹》）。
诗中“佯狂”一词颇有深意。因为太炎性格古怪，常被人讥称“章疯子”。“疯”即是“狂”，但并非狂妄和轻狂，而是性情自然流露的真率，可能有所张扬，却无丝毫虚伪，所以称之为“佯狂”，可见诗人遣词用字的功力。
狂还可以理解为“狂狷”。在孔夫子还未成为神圣的那个年代，儒本来有“狂狷”与“乡愿”之分。《论语·子路》就有此一说：“不得中行而与之，必也狂狷乎！狂者进取，狷者有所不为。”太炎重视国学，并不独尊孔子，他敢于把孔子放在与其他诸子平等的地位而品评其短长。但就其品格而言则颇近于儒之“狂狷”，无论是进取还是有所不为，都显现出几分真率。
太炎自视甚高，因此自责甚严。他在狱中感叹：“上天以国粹付余，自炳麟之初生，迄于今兹，三十有六岁。凤鸟不至，河不出图。……至于支那闳硕壮美之学，而遂斩其统绪。国故民纪，绝于余手，是则余之罪也。”人们可以非议太炎以国粹存亡续绝系于一身之谬误，但却不能不尊重这“泣龙悲凤”之佯狂背后的厚重历史责任感。其实，既往的真正国学大师们，有谁不是把自己的生命与国粹融为一体，并且把维护、继承、发展民族文化作为最高天职。
太炎在狱中仍不忘国学的延续，他把世无知己，吾生苦不文。一朝沦地狱，何日扫妖氛？昨夜梦和尔，同兴国民军。”太炎大喜，和诗中有“天为老夫留后劲，吾家小弟始能诗。”并且每天都为邹容讲解经书、佛典乃至因明学，认为“学此可以解三年之忧”，不仅可以治学，而且有助修养。
但邹容毕竟年少气盛，加以不耐狱中饥寒之苦与各种凌辱，终于猝然病逝。据太炎回忆：入狱之第二年（1904），“仲春三月，时近清明，积阴不开，天寒雨湿，鸡鸣不已，吾弟以亡。”前往视之，“目犹未瞑”。作为生死相依的兄长与老师，太炎的悲愤与失望，难以言说。
先是，《苏报》案起，报馆主事者多逃亡外地，但太炎却坦然入馆待捕并掩护他人。太炎与邹容“相延入狱，志在流血”；不仅勇于承担文责，而且期望以自身牺牲唤醒亿万国民。太炎在狱中曾绝食抗争，但7日未死。恢复进食后又多次奋勇抗击狱卒凌辱，虽屡战屡败，多受酷刑，甚至被棒击昏厥，但仍然表现出士可杀而不可辱的大丈夫气概。先贤说过：“孔曰成仁，孟曰取义，读圣贤书，所为何事？”章太炎的“佯狂”乃是伸张正义，反抗邪恶，决非乡愿式的作秀，而是表里如一的狂狷！
太炎珍爱国粹，但决不泥古。他已经涉猎西学，吸收进步学理与思想。他不仅以新的时代精神，重新审视并整理国学，而且还试图创建新的中国通史体例，推动史学革新。他在爱国学社教中文，不仅在课堂上宣传进步思想，而且故意以“×××本纪”为题，布置学生写自传体文章，否定皇帝对“本纪”一词的垄断，公开向君主专制挑战。入狱以后，清政府指控为“立心犯上，罪无可逭”，理应处以极刑。太炎在法庭上坦然答辩：“所指书中‘载湉小丑’四字触犯清帝圣讳一语，我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。”并且以国学知识幽清方承审员一默：“‘小丑’两字本作‘类’字或作‘小孩子’解，《苏报》论说，与我无涉。”皇帝与老百姓在租界法庭打官司，太炎以一介布衣，而抗衡君主威权，这也是当时千古未曾一见的大变局，所以引起中外媒体关注，造成深远影响，有力地推动了革命思潮与革命运动的发展。多年以后，孙中山在追述辛亥革命的历程时，特别指出《苏报》案的意义：“此案涉及清帝个人，为朝廷与人民聚讼之始，清朝以来所未有也。清廷虽讼胜，而章、邹不过仅得囚禁两年而已（原文如此）。于是民气为之大壮。”
宋明以后，儒学发展到极致，但从精神层面而言，道学却逐渐走下坡路。正因为道学维护皇权，皇权利用道学，便出现了许多道学家的堕落。狂狷渐少，乡愿日多，不仅是国学的衰微，而且也是国运的衰微。所以，我希望今天的国学提倡者，应该真正从精神层面着眼着手，努力继承并发扬传统文化中可贵的民族精神。千万不可把国学变成一种时尚，甚至变成商品，袭其皮毛，弃其精华，无异买椟还珠。
